Mme Annaïg Le Guen est titulaire d’une thèse de doctorat en physique sur la dynamique et les transferts de fluides. Elle a occupé des postes dans le secteur privé puis a rejoint le CNRS en 2006 et a commencé sa carrière dans la gestion de programmes de recherche interdisciplinaire.
A partir de la fin de 2009, Mme Annaïg Le Guen s’est tournée vers la gestion de très grandes infrastructures de recherche (synchrotrons, marine fleets for research, super télescopes, ...), d’abord en tant que directrice d’une unité de service au CNRS, puis en détachement au ministère de l’Enseignement supérieur et de la recherche. En juillet 2012, elle a été nommée à GENCI, Grand Equipement National de Calcul Intensif (infrastructure de calcul intensif). En mars 2014, elle a été nommée directrice de l’USR CNRS Guyane (aujourd’hui USR LEEISA - Laboratoire d’Écologie, Évolution, Interactions des systèmes amazoniens), et codirecteur du Laboratoire d’Excellence CEBA, Centre d’Étude de la Biodiversité Amazonienne. Grâce à l’expérience liée aux grandes installations ouvertes à la communauté scientifique internationale, l’objectif était de mettre en œuvre des règles d’accès ouvert à une station de recherche du CNRS en Guyane Française et de l'élever au niveau international. Elle a créé un réseau de 5 stations de recherche ouvrant leurs installations à l’expérimentation en écologie. Le CRIOBE est membre de ce réseau national.
Le 1er décembre 2018 elle a eut un poste à la tête de l’USR CRIOBE, l’un des laboratoires Français les plus éminents pour l’étude des écosystèmes coralliens, Mme Annaïg Le Guen devient directrice d’une unité de recherche et de services qui associe enseignants -chercheurs, chercheurs et personnel administratif et technique du CNRS, de l’EPH et de l’UPVD. Les activités du CRIOBE sont menées à travers de multiples disciplines - écologie, chimie, sciences humaines et sciences sociales - sur deux sites géographiques principaux, le campus de l’Université de Perpignan en France et la station de recherche de l’île de Moorea en Polynésie Française. Le CRIOBE a également un bureau à Paris.
